论证，后悔允许该书出版。教皇指出，虽有检查官正式批准出版该书，但伽利略依然违背
1616年
禁令。他把伽利略带到宗教法庭面前，宣布他终身软禁，并命令他公开放弃哥白尼主义。伽利略又第二次被迫从命。
伽利略始终是
个忠实天主教徒，但是他对科学独立信仰从来未被动摇过。1642年，即他逝世前4年，当他仍然被软禁时，他第二本主要著作手稿被私下交给个荷兰出版商。正是这本被称为《两种新科学》书，甚至比支持哥白尼更进步，成为现代物理学起源。
伊萨克·牛顿
伊萨克·牛顿不是个讨人喜欢人物。他和其他院士关系声名狼藉。他晚年大部分时间都是在激然争吵纠纷中渡过。随着那部肯定是物理学有史以来最有影响书——《数学原理》出版，牛顿很快就成为名重时人物。他被任命为皇家学会主席，并成为第个被授予爵士科学家。
牛顿不久就与皇家天文学家约翰·夫莱姆斯梯德发生冲突。他早先曾提供牛顿许多《原理》书所需数据，后来他扣压牛顿需要资料。牛顿是不许别人回答“不”字，他自封为皇家天文台大总管，然后迫使立即出版这些数据。最后，他指使夫莱姆斯梯德冤家对头爱德蒙·哈雷夺得夫莱姆斯梯德工作成果，并且准备出版。可是夫莱姆斯梯德告到法庭去，在最紧要关头，赢得法庭判决：不得散发这剽窃著作。牛顿被激怒，作为报复，他就在后来《原理》版本中系统地删除所有来自夫莱姆斯梯德引证。
他和德国哲学家高特夫瑞德·莱布尼兹之间发生更严重争吵。莱布尼兹和牛顿各自独立地发展叫做微积分数学分支，它是大部分近代物理基础。虽然现在
们知道，牛顿发现微积分要比莱布尼兹早若干年，可是他很晚才出版他著作。随着关于谁是第个发现者严重争吵发生，科学家们激烈地为双方作辩护。然而值得注意是，大多数为牛顿辩护文章均出自牛顿本人之手，只不过仅仅用朋友名义出版而已！当争论日趋激烈时，莱布尼兹犯向皇家学会起诉来解决这争端错误。牛顿作为其主席，指定个清色由牛顿朋友组成“公正”委员会来审查此案。更有甚者后来牛顿自己写个委员会报告，并让皇家学会将其出版，正式地谴责莱布尼兹剽窃。牛顿还不满意，他又在皇家学会自己杂志上写篇匿名、关于该报告回顾。据报道，莱布尼兹死后，牛顿扬言他为伤透莱布尼兹心而洋洋得意。
在这两次争吵期间，牛顿已经离开剑桥和学术。在剑桥他曾积极从事反天主教运动，后来在议会中也
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