报道和情报机构报告都表明，德国可能拥有
种强大新型武器，预计将在11月到次年1月之间准备就绪。”他们警告说，这种新武器很可能就是“合金管”——英国人给原子弹代号。他们写道：“如果真是如此，那
后果无须多言。”他们随后抱怨说负责生产核弹级铀原料私营公司拖
后腿，他们认为解决办法就是“为额外项目提供足够资金，由那些对整个生产流程最有经验科学家直接管理”。
奥本海默和他们样担心项目进度。他也发愁他们可能会落后于德国人，所以他只能更卖力地工作，并敦促他手下人也加倍努力。
作为科学主任，奥本海默在洛斯阿拉莫斯近乎拥有绝对权威。尽管表面上他与位军事指挥官共同管理这里，但他直接向格罗夫斯将军报告。第任驻地指挥官约翰·M.哈蒙中校与科学家们争执不断，结果他在任职仅4个月后，就于1943年4月被撤换。他继任者惠特尼·阿什布里奇中校明白自己工作就是尽量减少双方摩擦，让科学家们满意。阿什布里奇恰巧是洛斯阿拉莫斯牧场学校毕业生，他直任职到1944年秋，当时因为劳累过度，精疲力竭，他犯轻微心脏病。取代他是杰拉尔德·R.泰勒上校。所以，奥本海默在任期内经历三位陆军指挥官。
安保措施直是个令人头疼问题。陆军安全部门度在奥本海默居住“浴缸排”外面部署武装警卫，卫兵要检查所有人通行证后才能允许他们进入房子，姬蒂也不例外。但是她出门时经常忘带通行证，每次被拦住时，她都大吵大闹。不过，她发现这种安排也并非无是处，作为个总能抓住机会人，姬蒂偶尔会让卫兵们帮忙照看彼得。后来具体负责此事中士意识到这点，他就撤走卫兵。
作为与格罗夫斯将军达成协议部分，奥本海默同意任命个三人委员会负责内部安全事务。他任命他助手戴维·霍金斯、约翰·曼利及化学家乔·肯尼迪为委员会成员，他们负责实验室（T区）内部安全事务，这里被第二道铁丝网包围起来，禁止卫兵和士兵进入。内部安全委员会负责都是些日常琐事，比如检查科学家离开办公室时是否锁好文件柜。旦有科学家被发现把秘密文件留在桌子上过夜，第二天晚上他就得负责巡视实验室，抓住另个违反规定人。天，瑟伯尔看到霍金斯和埃米利奥·塞格雷正在争吵。霍金斯说：“塞格雷，你昨晚把份秘密文件落在外面，今晚你必须去巡视。”塞格雷反驳道：“那篇论文全是错误，它只会迷惑敌人。”
奥本海默直在努力不让他手下人受到“山上”安全部门骚扰。为让
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