五行旗分为华人五行、山南五行（即阿萨姆和缅甸地区
土著）、山北五行（即来自中亚部落骑兵）、海外五行（即来自西洋地区殖民者）、印度五行（即印度本土印度教、回回精英）。
每
五行，按照金木水火土分为五旗编制，由孙可望父子身边亲信，以及较早归附呆迷儿帝国地方大贵族出任各旗旗主。
五行旗制度扩大
呆迷儿帝国统治基础，使得本来仅仅靠区区五十万华人统治亿印度人帝国统治秩序，扩大为依靠二百万旗人
（漠南）、德干高原（南原）地区，为羁縻地方，印度教信众地位就比他们在北方高得多，不仅能够像西瓦吉那样封王出任水师督师，而且许多人还能够出任最高级总督、巡抚等封疆大吏职务。
而以德里苏丹国、莫卧儿帝国旧王公为主回回封建主势力，则直受到孙可望父子打击和排挤，些普通回回百姓也因此受到牵连，往往在呆迷儿帝国内受到不合理迫害与不公平对待。
北方恒河流域，时不时都有回回王公起兵叛乱，甚至有人试图联合山北阿富汗部落与波斯萨菲王朝，以实现莫卧儿帝国复国事业。
然而萨菲王朝，在晚明时期阿巴斯大帝去世以后，帝国就陷入长久衰落之中。
阿巴斯大帝继承人萨菲为人残,bao而内敛，他无情地淘汰任何个能威胁他权力人，几乎处决所有萨非王室王子，以及功绩显赫朝臣和将军。他甚少留意政事，又无文化或学术兴趣，甚至有阅读和书写困难。
在他统治时期，萨非王朝开始衰落。北部俄罗斯帝国逐渐将势力伸向高加索山脉和中亚；东部新兴呆迷儿帝国，也和萨菲王朝争夺阿富汗商路和波斯湾商路贸易红利。
大约与孙可望父子同时期在位苏莱曼世以萨非二世名号即位，因当时年幼，及在后宫长大，对外面世界并不认识。又因其人好酗酒，身体不佳。即位首年，不单发生地震，更受哥萨克人侵袭里海沿岸。
苏莱曼世对政事没有兴趣，宁愿留在后宫，政务落于首相及由后宫宦官组成理事会手上。苏莱曼世在位期间，宦官势力日益增大，贪污成风，军备松弛，接连被呆迷儿帝国和乌兹别克人打败，国势日渐衰落，根本无力出兵印度。
为补充华人人口，到东王沙孙征淇统治时期，呆迷儿帝国不仅开始从阿萨姆和下缅甸带土著中选拔精英，拔擢入华人阶层，而且还屡屡出兵攻打暹罗和干涉安南内战，又同延平公司在南洋争霸，来获取华人移民补充。
早在孙可望初建呆迷儿帝国时期，经历过晚明连年战争孙可望，就效仿满洲八旗制度，在印度建立相似五行旗制度。
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