之后，便在众弟子之中挑选出
人，让出
观主
位置，他自己则藏身于青云观后间草舍之中。从此以后不问世事，深入简出，开始闭关修行。
直到贞观二十年初，闭关九年孔其珍才破关再次出世。孔其珍出关之后便声称在闭关修炼时候，他诚心打动九天上面神仙，神人亲自现身，赐下仙籍《玄天经》助他成仙得道。为显示自己即将成仙，孔其珍先后十余次在众人面前显示自己神力。
起先只是让失明者复明，断肢者再长。到后来简直就是颠倒阴阳，纵人生死。更骇人事情还在后面。日，孔其珍施法之后，晴空万里之日突然阴云密布如同黑夜般。时之间，孔其珍名声大噪，拜入他门下为弟子达官贵人络绎不绝，最后孔其珍索性脱离青云观，自立玄天道教。
贞观二十二年末，风头最盛时期孔其珍突然失语，随后莫名其貌病症遍布孔教主全身。短短数日，孔其珍目盲、失聪、失语，随后全身皮肤长疮皲裂，四肢僵硬不能弯曲，牙齿掉光，需要靠弟子喂入米浆才能维持生命。
突如其来病症让孔其珍变成活死人，开始他弟子们还能守在他身边，等着奇迹出现，孔教主能恢复如初。但是随着日子天天过去，孔其珍情况没有好转不说，还连数日开始吐血，吐出来鲜血漆黑如同墨汁，还散发着阵阵恶臭。
终于，流言出现，说孔其珍根本没有得道修仙，他是修炼害人邪法，现在遭到天谴，才让他得果报。犬吠影百犬吠声。孔其珍身边徒弟如同退潮样地散去，最后孔其珍玄天道教总坛也被其徒弟搜刮番，因为没有找到传说中《玄天经》，恼怒之下把火烧总坛，孔其珍最后也葬身于火场之中。可怜他成仙梦还没有醒，就不明不白地死。
之后千百年间，所谓《玄天经》又数次出现世间，只是名称时不时换上换。直到清朝中期，再出现时候被称作《天理图》……
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