他还是包罗万有的一部中国史《至五代北资治通鉴》的作者。这部书全书二百九十四卷，附录考异三十卷，学富识高，文笔精练，为史书中之北斗，后世史学著作之规范。初稿《长编》多于成书数倍。他写作此书时，一直孜孜不懈，每日抄写，积稿十尺，最后全稿装满两间屋子。此空前巨著费去作者二十五年工夫。
引起最后争论的问题，是青苗贷款法。在制置三司条例司研讨数月之后，青苗法终于在神宗熙宁二年（一○六九）九月公布。朝廷派出四十一位专使大员，到各省去督导实施新法。不久之后，即分明显示官家款项并不能如预先之估计可由人民自行贷出。专使所面临之问题即是：径行还京陈明使命未能达成，抑或勉强人民将款贷去而回京禀报新政成功。官家愿将款项借予富户，以其抵押较为可靠，但富户并不特别需要借款。贫户急须借款，但官家必需取得抵押，因知其无还债能力。有些特使乃思得办法，按人民之财力，自富至贫，将官款定比分配。但是贫户太贫，实在无力借款，只有富户可借——这正是现代银行财务事业的基本特性。官方要做到贫户确能归还贷款，于是使贫户之富有邻居为之做保。一个特使向京都的报告中说：官方把贷款交与贫户时，贫户“喜极而泣”。另一个特使，不愿强民借贷，回京报告大不相同。御史弹劾放款成功的特使，说他强民借贷，大违朝廷之本意。王安石亲自到御史台对诸御史说：“你们意欲何为？你们弹劾推行新政的能吏，却对办事不力者默不作声。”
韩琦那时驻在大名府，官居河北安抚使，亲眼看到了青苗贷款法实行的情形，他向皇帝奏明青苗贷款是如何分配出去的。这若与苏东坡的火爆发作相比，韩琦的奏折可以说是顾虑周详，措词妥帖，言之有物，真不愧是个极具才干、功在国家的退职宰相的手笔。在奏折上他说，甚至赤贫之民也有分担的款额，富有之家则要求认捐更多。所谓青苗贷款也分配给城市居民负担，也分配给地主和“垄断剥削者”，须知这两种人正是青苗法所要消灭的。不可不知的是，每借进一笔钱，短短数月之后就要付出一分半的利息。不论朝廷如何分辩，说贷款与民不是以营利为目的，百姓都不肯相信。韩琦指出，纵然阻止强迫贷款，要力行自愿贷款，并无实际用处，因为富户不肯借，穷人愿借，但无抵押；最后仍须保人还债。同时，督察贷款的特使急于取悦于朝中当权者，低级官吏又不敢明言，韩琦说，他自思身为国家老臣，势不得不将真相奏明皇帝。他请朝廷中止新法，召回特使，恢复故有的常平仓制。
和王安石讨论韩琦的奏折时，皇帝说：“韩琦乃国之忠臣，虽然为官在外，对朝廷仍是念
