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每天要吃大量奶酪——180克（
大份是30克）。为
助食并遵循法国传统，每天喝两杯上好红酒，饿就再喝三盒酸奶。平常每周会吃到两次奶酪，实验前周没有吃，以便收集粪便标本，检测三天大量奶酪饮食前
菌落水平。
对这样个奶酪热爱者来说，实验看来不过是小菜碟。第天早餐很轻松——黑面包配上大片莫城布里干酪，午餐是饼干夹羊奶干酪加个苹果，冲淡奶酪强烈气味，晚餐是沙拉和美味伊泊斯奶酪配面包和红酒——太完美。第二天食谱也样，早餐很容易就吃完，羊奶干酪午餐让有点难以消化，可能是因为它脂肪含量高达31%，晚餐奶酪吃起来仍然美味，但开始觉得有些腹胀。
等到第三天，觉得解脱，实验终于快结束。从早上开始就有些胀气，因为吃蔬果减少，连几天都便秘，尽管总热量并没有超限，但感觉很饱。每天光吃奶酪，就摄入800千卡，还有45克饱和脂肪量，远超过“推荐剂量”，这还不算吃其他食物和酸奶。实验结束后两个星期，继续采集粪便样本，观察奶酪中微生物所带来改变能持续多长时间。
直到十年前为止，探查微生物唯方法只有将其培养成肉眼可见菌落。人们必须将其接种到培养皿上培养数周——过去们以为粪便中只有少数几种细菌，后来发现只有1%肠道微生物能在培养皿上生长，而这些都是致病菌（pathogens）。新出现基因测序技术改变这方法，检测出其余99%肠道微生物，它们大多数都对人无害。
当合作伙伴罗伯·奈特（RobKnight）从科罗拉多实验室发回测试结果时，已经迫不及待。他们从标本中提取所有微生物DNA，利用基因测序技术检测所有细菌都拥有唯共同基因——16S基因。每种细菌都有独特16S基因型，可作为区分标志。通过分析，大约1000种细菌被分成不同种属，而后研究人员可以比较不同人体内细菌分布。
肠道微生物基准结果有点出人意料：粪便样本中微生物组成更接近委内瑞拉人，而不像大部分美国人。最常见两种肠道细菌是拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）细菌。厚壁菌门细菌初始数量比想要多。个难题是奶酪中微生物能否安全通过胃酸和小肠到达大肠。人们曾以为胃酸酸性足以杀死任何细菌，好在这些奶酪中微生物没有全部阵亡。施行奶酪饮食天之后，肠道菌群就出现变化，主要是些种类乳酸菌和青霉菌数量明显增
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