继饥荒之后，人类的第二大敌人是瘟疫和传染病。由川流不息的商人、*员和朝圣者所联结起来的繁华城市，既是人类文明的基石，也是病菌滋生的温床。于是，住在古雅典或中世纪佛罗伦萨的民众都心里有数——他们可能忽然生病，短短一周就过世；也可能有某种流行病突然,bao发，一下带走他们的整个家庭。
最有名的一次流行病就是黑死病，始于14世纪30年代的东亚或中亚某处，栖息在跳蚤身上的鼠疫杆菌（Yersiniapestis）通过跳蚤叮咬而感染人类。这批瘟疫大军借着老鼠和跳蚤，迅速蔓延全亚洲、欧洲和北非，不到20年便抵达大西洋沿岸。当时的死亡人数约为7500万~2亿，超过欧亚大陆人口的四分之一。在英国，每10人就有4人死亡，人口从瘟疫前的370万降到瘟疫后的220万。佛罗伦萨的10万居民，也有5万不幸殒命。6
面对这场灾难，各国z.府完全束手无策，只安排了大型的群众祈祷和游行，却全然不知如何阻止疫情蔓延，更别说要治愈疾病。在近代之前，人类认为会生病是因为空气不佳、恶魔心怀不轨，或是神明发怒，却从未想过有细菌和病毒存在。人们很容易相信有天使或仙女，却无法相信仅是一只小小的跳蚤或一滴水，就可能带着如同整支舰队般的致命猎食者。
图2中世纪将黑死病拟人化，描写成人类无法控制或理解的可怕恶魔
图3真正的罪魁祸首是肉眼无法看见的鼠疫杆菌7
黑死病既非单一事件，甚至也不是史上最严重的瘟疫。曾有更大的灾难随着第一批欧洲人的脚步而来，袭击了美国、大洋洲和太平洋岛屿。这些欧洲探险家和移民并不知道，自己身上带着当地居民缺乏免疫力的传染病，造成高达90%的当地居民因此丧命。8
1520年3月5日，一支小型西班牙舰队离开古巴，前往墨西哥。这些船上载着900名西班牙士兵、马、枪支，以及几个非洲奴隶，其中一个名叫弗朗西斯科·德艾奎亚（FranciscodeEguía）的奴隶身上带着另一个更为致命的“货物”。弗朗西斯科自己毫不知情，在他的几万亿个细胞里有个正在滴答作响的生物定时炸弹：天花病毒。弗朗西斯科登陆墨西哥后，病毒开始在他身体内以指数级繁殖，最后终于在他的全身皮肤上,bao发出可怕的疱疹。他高烧不退，被带到辛波阿兰（Cempoallan）镇一个美洲原住民的家里，在床上休息。他感染了这家人，这家人又感染了邻居。短短10天，辛波阿兰就成了一片墓地。难民仓皇出逃，又将天花从辛波阿兰传到了邻近的城镇。小镇一一陷落，无一幸免，被吓坏了的难民一波又一波逃
