对科学和宗教的误解，多半是由于对宗教的错误定义。人们常常误以为宗教就是迷信、灵性以及对超自然力量或神的信仰。但宗教并不是这些概念。宗教并不等于迷信，因为大多数人都不可能把自己最相信的事称为迷信。自己相信的，一定是“真理”；只有别人相信的，才会是“迷信”。
同样，也很少有人认为自己信仰的是超自然力量。那些相信魔鬼、神灵、精灵的人绝不会认为这些是“超自然”，而会认为这些都是自然的一部分，与豪猪、蝎子和细菌并没有两样。比如疾病，现代医生将之归咎于看不见的细菌，伏都教巫师则将之归咎于看不见的神灵。这其中没有任何超自然的力量：如果你让某个神灵生气了，它就会进到你的身体里，让你痛苦万分，这岂不是再自然不过？只有不相信神灵的人，才会觉得这些事情超出自然的秩序。
如果说宗教就是信仰超自然的力量，等于认为自己可以不靠宗教就能够了解所有的自然现象，而宗教只是一个可选择的补充，即在完全了解自然的全貌之后，还能选择要不要再另外加点宗教的“超自然”教条。但大多数宗教都认为，如果没有宗教，你根本不可能了解世界；不懂这些教条，你就不可能了解疾病、旱灾或地震的真正原因。
另外，把宗教等同于对神的信仰也有问题。我们常常会说，某个虔诚的基督徒是信仰宗教的，因为他信仰神（上帝）。然而，宗教由人创立，而非由神所创；宗教的定义应该在于其社会功能，而不在于神是否存在。任何无所不包的故事，只要能够为人类的法律、规范和价值观赋予高于一般人的合法性，就应该算是宗教。宗教能够为人类社会结构找的理由，就是这些结构反映了高于一般人的法则。
宗教认为，人类受制于某种道德法则系统，这个系统并非由人所创，也并非人所能改变。于是，虔诚的犹太人会说，这个道德法则系统就是由上帝所创，并体现在《圣经》之中。虔诚的印度教徒则会说，这些法则是由梵天（Brahma）、毗湿奴（Vishnu）和湿婆（Shiva）所创，体现在《吠陀经》中。从佛教、道教到纳粹主义和自由主义，也会说自己那套高于一般人的法则都源于自然法则，而不是由神所创。当然，每个宗教都信奉着各自不同的自然法则，由不同的先知所揭示，从佛陀、老子再到希特勒，各显神通。
一个犹太男孩来到爸爸面前，问道：“爸爸，为什么我们不能吃猪肉啊？”爸爸若有所思地摸着又长又卷的胡子，回答道：“孩子啊，世界本来就是这样。你还小，还不懂，如果我们吃猪肉，上帝会惩罚我们，我们最后不会有好下场。这不是我说的，也不是拉比说的。如果是拉比创造
