我们已经更加了解宗教的概念，现在可以回头来审视宗教和科学之间的关系。对于二者的关系，有两种极端的观点。第一种观点认为科学和宗教誓不两立，而现代历史就是科学知识与宗教迷信的斗争史。随着时间的推移，科学的光明驱散了宗教的黑暗，世界越来越世俗、理性和繁荣。然而，虽然某些科学发现肯定侵蚀了宗教的教义，但两者却非必然对立。比如，穆斯林认为伊斯兰教是由先知穆罕默德于公元7世纪在阿拉伯创立，而这点就有充分的科学证据可以证明。
更重要的是，科学如果想要打造出可行的人类制度，必然需要宗教协助。虽然科学家能够研究世界如何运转，但却没有科学方法告诉我们人类该做些什么。科学告诉我们，人类没有氧气就无法生存，然而，我们是否能用窒息来处死罪犯呢？能够回答这种问题的并非科学，唯有宗教。
因此，科学家的实用研究仍有赖于宗教见解。比如中国的长江三峡大坝，z.府在1992年决定建造大坝时，物理学家可以计算出大坝必须承受多少压力，经济学家可以预测出大坝可能需要多少成本，而电机工程师可以预测出大坝能发多少电量。但z.府得考虑的不只这些。三峡大坝蓄水后，将淹没陆地面积超过600平方公里，其中包括许多城镇村庄、数千处考古遗迹，以及独特的风景和动物栖息地。超过百万人迁离，数百种物种生命受到威胁。看起来，大坝是白鳍豚灭绝的直接原因。不论你个人对三峡大坝有何看法，显然建不建大坝都会是个伦理问题，而非纯粹的科学问题。不论任何物理实验、经济模型或数学方程式，都无法确定究竟是发出几兆瓦的电、赚进几十亿元人民币比较有价值，还是保住某座古塔或白鳍豚比较有价值。因此，中国z.府无法单靠科学理论的基础来运作，还得需要一些传统价值观或意识形态才行。
但也有些人一下子就跳到另一个极端，即认为科学和宗教就是两个完全分开的国度。科学就是研究事实，宗教就是讨论价值观，两者井水不犯河水、老死不相往来。宗教对科学事实不予置喙，科学对宗教信仰也该沉默是金。如果宗教相信人命神圣，因此堕胎是罪，生物学家对此既不能证明，也不该驳斥。私底下，每个生物学家都欢迎与教皇辩论；但作为科学家，生物学家却不该加入战局。
这种方法可能听起来合理，但对宗教仍有曲解。虽然科学确实只管事实，但宗教却并非只管要判断。宗教想发挥任何实际的引导作用，就要提出一些事实上的要求，这时候就可能和科学有所冲突。许多宗教教条最重要的部分并不在于其伦理原则，而在于其事实的主张声明，比如，“上帝确实存在”“灵魂会因为犯下
