只好带人马回威海卫暂避。8月19日，庆军再次出发。袁世凯
职责是在“前敌营务处”负责军需和勘定行军路线。此前，精明袁世凯就通过朝鲜使者金允植，把朝鲜政治、军事以及地理情况
解得
清二楚。8月20日早晨，船只到达朝鲜南阳马山浦港后，袁世凯带领前敌营务处数人率先登陆，选定大军登陆地点及进抵朝鲜行军路线。第二天，吴长庆指令某营为先锋率先上岸，该营官表示士兵不习航海，多数晕船，请求稍缓。吴长庆大发雷霆，将该营官当场撤职，命令袁世凯接替。袁世凯接管后，立即部署登陆，很快就完成任务。
在此之后，袁世凯在向导金允植带领下，以前敌营务处第营代理管带身份，率部向朝鲜京城挺进。这个时候，当年李鸿章精锐部队淮军已呈出暮气沉沉状态，由于久疏战事，清军行军缓慢，纪律松弛。行军途中，竟有士兵对朝鲜民众进行**抢掠。袁世凯知晓之后，口气杀七个违纪士兵，提着违纪士兵脑袋去见吴长庆。清军士兵被震慑住，再也不敢胡乱违纪。吴长庆见袁世凯如此果敢，对袁世凯更信任。
清军进驻汉城之后，依照事先商量方针，决定继续维持朝鲜现状，支持现任国王。对于大院君，按照上峰要求，押解至中国；对于其他势力,bao动，采取坚决镇压。考虑到大院君手下尚有数千武装，吴长庆在与袁世凯等人商议之后，决定先拜访大院君，稳定他情绪，然后用计生擒。8月26日，吴长庆等人专程来到大院君住处拜见，双方言谈甚欢。大院君很高兴，主动提出回访看望。吴长庆回到营地之后，立即安排袁世凯部署亲军抓获大院君。当天下午，大院君率领数十位随从来到清军驻地。袁世凯设计将大院君卫队阻拦在中军之外，吴长庆对大院君宣读朝廷旨意，然后请大院君入轿，强行转移到军舰上，押解到天津。
由于大院君束手就擒，群龙无首，朝鲜内乱很快就平息。日本此时还没来得及派兵，没借口，也就不好派兵。接着，闵妃也回到宫廷，对清国恢复她地位和统治，非常感激。朝鲜国王和闵妃设宴招待吴长庆、张謇、袁世凯等，又单独会见袁世凯，聆听他对朝鲜事务意见。朝鲜事件平息下来之后，清廷奖赏有关人士，袁世凯自然也在其列——袁世凯从七品“中书科中书”虚衔，跃为正五品同知。这年，袁世凯才二十四岁。
朝鲜平叛后，袁世凯按照清廷要求，继续驻军朝鲜。几个月后，朝鲜国王向朝廷提出，希望派人帮他们组建支带有现代化意味新军。这个时候，因外交形势吃紧，李鸿章已接到朝廷召唤，提前结束丁忧，重
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