日本，以致腹部受敌，因此，袁世凯
建议被搁置
边。不过李鸿章对袁世凯关于朝鲜局势分析还是认可，对于袁世凯能力，也更加赏识
。
可是接下来发生另外些事情，却让袁世凯灰头土脸：先是袁世凯在叛乱平定之后，未经请示，即挪用军饷抚恤被亲日派杀害朝鲜大臣闵台镐等人家属。袁世凯打报告要求李鸿章将这笔款项作为正当开支给予报销，遭到李鸿章严厉呵斥，要求吴兆有责令袁世凯自己解决这笔费用。袁世凯堂叔袁保龄也写信批评袁世凯，让他自己赔偿。再件事就是袁世凯过于抓权和自作主张，引起吴兆有、张謇等人对袁世凯不满，吴兆有写信揭发袁世凯蓄养官妓、贩卖烟土、贪污军饷。不仅如此，袁世凯还面临日本方面对清廷施压——日本致函清廷，认为袁世凯寻衅挑事，是此次中日冲突罪魁祸首，要求清z.府追究袁世凯责任；同时派外相井上馨带团来朝鲜，与朝鲜z.府商谈赔偿事。针对各方面攻击，清廷派会办北洋防务吴大alt、盐运使续昌，赴朝鲜查明甲申事变真相。袁世凯再次显示他处变不惊、办事干练才能。赴朝调查人员来之前，袁世凯就将甲申事变经过及证据材料整理好，汇集成册。使团到朝鲜，袁世凯立即将书面报告及有关证据呈上。吴大alt、续昌根据事实认定，袁世凯并没有蓄养官妓、贩卖烟土等行为，所采取军事行动，也是从捍卫清廷利益立场出发，是正确。吴、续因此并没有责备袁世凯，反而表扬袁世凯劳苦功高。在确凿证据面前，日本只得悻悻地承认失败。考虑到中法战争正在进行，朝鲜在与日本谈判时，也有意识作些让步，双方达成共识：朝鲜派使者赴日本谢罪；赔偿日商损失十万元；赔偿日本两万元重修日本使馆等。虽然给日本面子，但明眼人都能看出，这回，日本还是输得体无完肤。
尽管事实真相得到澄清，但清廷软弱低效以及腐朽阴晦，让意气风发袁世凯很是失望。这个时候，袁世凯养母牛氏在老家河南，听说袁世凯身处危地，吓得旧疾复发，急函敦促袁世凯回国。袁世凯考虑到自己集各种矛盾于身，也不便久留，于是以养母牛氏生病为由，向吴大alt提出请假回国。接到袁世凯请求，吴大alt颇有感慨：这个年轻人有如此大局意识，拿得起，放得下，真是上天造化啊！得到批准之后，袁世凯于1月30日早晨离开汉城。1日，到达马山浦时，丁汝昌亲自驾着小船来迎接。对于袁世凯这个晚辈，丁汝昌不吝溢美之词：功成退归，君舍得开，走得出，伟人也！
袁世凯朝鲜挚友金允植也作诗首《送慰廷归河南》：
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