议定
中央官制方案上报朝廷，其内容包括：内阁官制，各部官制，各部官制通则，各院官制，军谘府官制，阁部院官制节略，法部节略等。袁世凯提出建立责任内阁主张得到
坚持，从内容上看，新官制和旧官制不同之处有四点：
是仿照西方国家官制，试行行政、立法、司法三权分立，于各部之外单独设立大理院（由大理寺改）、审计院和资政院。大理院专司审判（类似西方最高法院）；法部（由刑部改）作为单纯司法行政机构；原都察院保留，行使监察权。这样，旧三法司制度废除，昔日九卿科道会审制度也废除。审计院独立各部之外，负责审理各部账目。资政院在国会未成立之前，试做立法机关。
二是采用西方责任内阁制，内阁作为最高行政机关，设总理大臣人，协理大臣二人；各部尚书均为内阁政务大臣。
三是各部建立单领导，设尚书人，侍郎二人，实行长负责制。
四是按照现代z.府操作方式，合并些职能重复官署。
新方案巧妙之处在于对军机处只字未提，这正是袁世凯匠心所在。如果新官制构架得到批准，军机处就会自然消亡，这也意味着皇权失去控制内阁有效机构。不过袁世凯用心明显被慈禧看透——三天之后，经慈禧裁定中央各衙门官制方案正式发布：责任内阁被否决，恢复军机处；其余十部四院府设置照准。对于袁世凯方案，老谋深算慈禧还是留手。这个老人精对于风生水起变动还是明察秋毫，采取也是她习惯用平衡术，不偏不倚，相互制衡。
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袁世凯笔迹
这次官制改革，就这样以种中庸方式而结束——朝廷不设内阁，袁世凯担当内阁总理或协理愿望落空。半年后，袁世凯也调任军机大臣兼外务部尚书，同时被任命为军机大臣，还有湖广总督张之洞，军机大臣地位比总督高，但却无总督那样实权；载沣死党铁良担任陆军部尚书，掌握中央军权；袁世凯交出北洋六镇指挥权，不过接任直隶总督兼北洋大臣为杨士骧，算是袁世凯手提拔心腹……切都算是打个平手吧，不输不赢。不过，经过这场折腾，兴冲冲袁世凯不免有点沮丧。袁世凯上任军机大臣兼外务部尚书第二天，慈禧召见他，谈及立宪，慈禧感慨得几乎流出眼泪，心事重重地对袁世凯说：“内乱外患，日急日，究竟如何是好呢？有云立宪即可安靖者，有云立宪必有大乱者，真无法可施。”看得出来，这个向来极果敢女强人，在是否立宪面前已变得束手无策。袁世凯只好回答说：“与其与以待亡，不如立宪，即使无益，也可避免后悔
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