甲午战争的溃不成军，对年轻气盛的袁世凯来说，打击是巨大的。清朝的军队由早期的八旗和绿营，到晚清时曾国藩湘军、李鸿章淮军，建制上发生了很大变化，装备和作战能力有了很大进步，在平定太平天国和捻军中，摧城拔寨，攻无不克，没想到遇到小小的日本，竟如此不堪一击。这一点，让清军上下感到震惊。熟读兵书的袁世凯感到怎么都不能理解，也咽不下这口气。
战争期间，袁世凯的差事是：前往山海关外处理前线军务，协助周馥向前线转送军需物资。因为不在前线，袁世凯有力使不上，只好给有关部门不停上书，谈及自己军事上的一些想法和策略。袁世凯的这些建议，大都石沉大海。甲午战争失败后，李鸿章因为被朝廷认定为消极作战，同时又作为替罪羊签订了《马关条约》，引起朝野上下的不满，全国上下一片声讨。袁世凯也朝议不佳，有不少人将中日战争的爆发怪罪于袁世凯在朝鲜的肆意妄为。重压之下，李鸿章只好躲进北京的贤良寺避风头，袁世凯也灰溜溜地告假回河南省亲。
甲午风云的硝烟散去之后，袁世凯一方面招集了一帮幕友，静居于京城的河南会馆，参考一些现代军事著作，尝试撰写现代兵书；另一方面，袁世凯还有意拜访了不少富有名望的大臣。湘军名将刘坤一，就是在与袁世凯的交谈中，发现这个年轻的河南人是个人才。刘坤一很快向光绪皇帝力荐袁世凯，认为袁世凯堪用。很快，光绪正式召见了袁世凯，以示鼓励。袁世凯在见到光绪之后很激动，写了洋洋万言上书，想通过翁同alt递交给光绪。在万言书当中，袁世凯首先表明甲午战败并不可怕，只要能破除积习，因时变通，便是一个大的转机；袁世凯陈述了改革军制、采取西法的重要性；围绕着向西方学习的中心，对清廷用人、理财、经济、军事、外交等方面的改革，提出了一系列的设想。在文中，袁世凯无论对国际局势的分析，还是对改革方案的设想，都显出远见卓识，思路清晰，翔实具体。从这一部万言书可以看出，袁世凯当时对于西方政治、法律、军事和经济的了解，并不在康有为之下；而且袁世凯的措施和手段，远比康有为的想法更切实可行。遗憾的是，袁世凯的上书，并没有引起习惯于传统思维的翁同alt的重视，上书仍是石沉大海。
因为竭力主张变法，袁世凯对于甲午战争之后兴起的各种力量极其关注。袁世凯上书后不久，康有为、梁启超在北京发起成立第一个维新政治团体——强学会。袁世凯积极参与其中，并为强学会捐纳了五百金。在当时，这是一笔不小的数目，由此可见袁世凯对于维新的热衷。当然，袁世凯对于康有为等的做派稍稍有点看不上，认
